Input: TGTTTAAAAATGTCCGCAACCATTTC GATATAAAACAGGGATAACTGCAATGG CCTGCTACTTTATGCCGTCTCCATATGCG Output: 11 T---G--T---T----------T-AAAAA--TGTCCGC-------A-ACCATTTC----- ----GA-TA--TAAAACAGGGAT-A----ACTG-C----------A-A---T---GG--- -CCTG-CT-ACT----------TTA------TG-C---CGTCTCCATA---T-----GCG